La Fundación GEDEFO se estructura en 7 Consejos Territoriales, establecidos por proximidad geográfica, que se corresponden con las siguientes zonas:

Noroeste, Norte, Cataluña-Baleares, Levante, Centro-Canarias- Cáceres, Andalucía Oriental y Andalucía Occidental-Badajoz.

Cada Consejo Territorial tiene la capacidad de planificar sus propias actividades pero se intenta promover la realización de proyectos de ámbito nacional. En cada Consejo Territorial se ha elegido un Presidente Territorial, que es responsable de dinamizar e implementar en su área las actividades, así como de coordinarlas con otros Consejos Territoriales. El Presidente de GEDEFO es D. Gerardo Cajaraville.

Los trabajos que se van realizando, se incluyen en esta web, en su correspondiente apartado y se informa a todo el colectivo de su realización a través de una hoja informativa. Muchos de los trabajos realizados han sido, además, publicados en revistas científicas.